Этот же файл был поправлен из ПУ, все значения записались и четко отображались в php info.
Но, стоило обновиться до версии 1.0770...
Добавил учетку, без JAIL, так в домашней директории появилась /etc/ со всеми файлами.

Захожу в настройки PHP, там стандартные значения, ладно думаю ПУ затерла, сейчас поправим.
Открываю php.ini и вижу, что все мои значения на месте, а в ПУ их нет, при этом php info показывает, что все на месте...Мистика

Так откуда ПУ отображает параметры php.ini????
Т.е. то, что по факту в php.ini, нет в ПУ, в разделе PHP.